Sementara itu,Kabinet Hatta meneruskan perjuangan diplomasi,yaitu menyelesaikan masalah intern terlebih dahulu.Beberapa kali diadakan Konferensi Inter-Indonesia untuk menghadapi usaha Van Mook dengan negara bonekanya.Ternyata hasul Konferensi Inter-Indonesia itu berhasil dengan baik.Walaupun untuk sementara pihak RI menyetujui terbentuknya Negara RIS,tetapi bukan berarti pemerintah RIS tunduk kepada pemerintah Belanda
Pada bulan Juli dan Agustus 1949 diadakan konferensi Inter-Indonesia.Dalam konferensi itu diperlihatkan bahwa politik devide et impera Belanda untuk memisahkan daerah-daerah di luar wilayah RI mengalami kegagalan.Hasil Konferensi Inter-Indonesia yang diselenggarakan di Yogyakarta antara lain sebagai berikut :
- Negara Indonesia Serikat disetujui dengan nama Republik Indonesia Serikat (RIS) berdasarkan demokrasi dan federalisme
- RIS akan dikepalai oleh seorang presiden dibantu oleh menteri-menteri yang bertanggung jawab kepada presiden
- RIS akan menerima penyerahan kedaulatan,baik dari RI maupun Belanda
- Angkatan Perang RIS adalah Angkatan Perang Nasional,dan Presiden RIS adalah Panglima Tertinggi Angkatan Perang
- Pembentukan Angkatan Perang RIS adalah semata-mata soal bangsa Indonesia sendiri
Dalam konferensi selanjutnya juga diputuskan untuk membentuk Panitia Persiapan Nasional yang anggotanya terdiri atas wakil-wakil RI dan BFO.Tugasnya menyelenggarakan persiapan dan menciptakan suasana tertib sebelum dan sesudah KMB.BFO juga mendukung tuntutan RI tentang penyerahan kedaulatan tanpa syarat,tanpa ikatan politik maupun ekonomi.Pihak RI juga menyepakati bahwa Konstitusi RIS akan dirancang pada saat KMB di Den Haag.